Jonas Gardell är född och uppväxt i villasamhället Enebyberg utanför Stockholm. Han är näst yngst av fyra syskon, varav brodern Mattias Gardell gjort sig ett namn som religionshistoriker och samhällsdebattör. Båda föräldrarna var psykologer till yrket, och fadern Bertil Gardell var även en ansedd professor i socialpsykologi vid Stockholms universitet 1977-87.